Mol2Mol 5.6

 

A különböző molekulamodellező programok a 90-es évek elején éve kezdtek elterjedni. Gyakorlatilag mindegyik saját nyelvet használt, vagyis a molekula szerkezet elmentésére, tárolására saját fájlformátumot használt. Ez nagyon gátolta az információcserét az egyes alkalmazások között. Bár azóta néhány formátum általánossá vált, másrészt a programok maguk is több féle formátumot értenek, még mindig gyakran van szükség a fájl formátumok konverziójára. Evégből készítettem a Mol2Mol programot, amely a kezdeti egyszerű freeware DOS programból eléggé nagyra nőtte ki magát a folyamatosan fejlesztések során. A shareware program jelenleg a ShareIt! cégen keresztül érhető el.

A Mol2Mol jelenleg mintegy 40 különféle kémiai fájlformátumot olvas (a legtöbbet automatikusan felismeri) és ír, egyszerű grafikus modult is tartalmaz a molekulák megtekintéséhez. A fájl konverzió nem csak egyszerű adatformálást, kiiratást jelent, hiszen a különböző programok különféle adatokat adnak illetve adatokra van szükségük. Például egy kristályszerkezetet tartalmazó fájl csak koordinátákat tartalmaz. Az átalakítás során automatikusan meg kell keresni a kötéseket, azonosítani kell az atomok hibridállapotát, a kötésrendet, ami néha egyszerű, máskor – például konjugált heterogyűrűs rendszerekben – egyáltalán nem az. Szükség lehet a hidrogén atomok automatikus hozzáadására, a vegyérték és geometria figyelembe vételével. Igy elég sok kémiai intelligenciát is programozni kellett.

A Mol2Mol a fájlkonverzión túlmenően sok egyéb segédfunkciót is tartalmaz. Egyesekkel más modellező programokban is gyakran találkozhatunk (pl. a különböző vegyértékszög és kötéshossz számítások), másokkal már kevésbé, pl. atomok piramidalitásának, gyűrűk planaritásának számítása.